É um processo químico-molecular que visa a estabilização das trocas gasosas - oxigênio x gás carbônico - a fim de manter o equilíbrio ácido básico. Ocorre nos alvéolos pulmonares e é o fenômeno chave da respiração. A difusão se estabelece por diferenças no gradiente de concentração dos capilares, onde o CO2 difunde-se do sangue venoso em direção ao meio externo, havendo a oxigenação do sangue a partir do mecanismo inverso com as moléculas de oxigênio na cavidade pulmonar. A hematose é uma consequência da respiração aeróbia. Nesse processo, o gás oxigênio presente no ar dos alvéolos difunde-se para os capilares sanguineos onde se combina com a hemoglobina. Cada molécula de hemoglobina é formada por quatro cadeias polipeptídicas, cada uma combinada a um grupo quimico que contem ferro, que se chama de grupo heme. A eficiência das trocas gasosas nos seres humanos deve-se à grande área de superfície alveolar; à fina espessura da parede alveolar; e à vasta rede de vasos capilares nas paredes dos alvéolos. Esta vascularização evidencia a importância do sistema circulatório para a respiração, sendo que é o sangue que leva o oxigénio às células. Estima-se que heja cerca de 250 milhoes de moleculas de hemoglobina em cada hemácea, assim cada uma dessas células transporta 1 bilhão de moléculas de gás oxigênio.
Quando ocorre a inspiração os alvéolos pulmonares ficam cheios de ar com uma elevada pressão parcial de oxigênio, passando este para o sangue, onde a pressão parcial deste gás é muito menor, através de um processo de difusão simples. O oxigênio será transportado associado às moléculas de hemoglobina, nos glóbulos vermelhos, que assim fica sob a forma de oxiemoglobina.
Nos tecidos, o gás oxigênio dissocia-se da oxiemoglobina e difunde-se no fluido que banha as células. Estas absorvem gás oxigênio e o utilizam no processo de respiração celular, que ocorre no interior das mitocôndrias.
As moléculas de gás carbônico originadas na respiração celular difundem-se para o líquido que banha os tecidos e são absorvidas pelos capilares. Cerca de 5% a 7% do gás carbônico permanece dissolvido no plasma sanguíneo. O sangue que sai dos pulmões é rico em oxigênio e pobre em dióxido de carbono, sendo designado por sangue arterial, em oposição ao sangue que chega a este órgão, com alta quantidade de dióxido de carbono e uma quase ausência de oxigênio, sendo denominado de sangue venoso.
Assim sendo, pode-se dizer que a totalidade do gás oxigênio é transportada no interior das hemácias, na forma de oxiemoglobina. Quanto ao gás carbônico, a maior parte é transportada dissolvida no plasma, na forma de íons.